熒光原位雜交的染色體分析
熒光原位雜交的染色體分析
（一）標本的制備
1． 室溫下，依次用 70 ％、 90 ％和 100 ％的乙醇脫水 5min 。
2． 空氣干燥載玻片。ELISA試劑盒
3． 若短期使用，載玻片可在室溫貯存數天。若載玻片要保存，應在室溫下過夜使組織“老化”（ aged ），然后放入容器中，該容器密封于含干燥劑的塑料袋內，－ 70 ℃保存。根據作者的經驗， 6 個月內使用的載玻片可貯存在－ 20 ℃。在雜交實驗之前解凍這些載玻片，不提倡反復凍融載玻片。
（二）缺口平移法標記探針
通過缺口平移法（酰）化 DNA 探針
1． 結合： 2 μ g 探針 DNA ， 10 μ l 10 ×反應緩沖液， 10 μ l β－巰基乙醇， 10 μ l 核苷酸母液（ 0.5mmol/L dATP, 0.5mmol/L dCTP, 0.5mmol/L dGTP, 0.5mmol/L -16-dUTP 和 0.12mmol/L dTTP ）， 20 單位 DNA 聚合酶 I 和 1 ： 1000 稀釋的 DNase I ，加雙蒸水至 100 μ l （zui后加酶）。
2． 在 15 ℃溫育 2h 。
3． 置反應混合物于冰浴直至反應產物的大小被確定。
4． 凝膠電泳檢測探針分子的長度：取 10 μ l 反應混合物，加入凝膠上樣緩沖液，水浴箱中煮沸 2 3 分鐘使其變性，冰浴 3min ，上樣到 1 ～ 2 ％的瓊脂糖微型凝膠中，并以適當大小的標準品做對照，以 50V/cm 電泳 3min 。用濃度為 0.5 μ g/ml 的溴化乙錠染膠，在紫外透照儀上顯示 DNA 并拍照。
5． 對于的雜交條件，探針（可見一脫尾）應為 100 ～ 500nt 。根據電泳結果進行下述步驟：
a. 如果探針大小在期望的范圍內，進行步驟 6 。
b.如果探針太大，可加入更多的 DNase I ，在 15 ℃溫育。
c.如果探針未*消化，純化探針并重復缺口平移法。
d. 如果探針太短，用較少的 DNase 重復反應。
6． 為使 DNase 失活，加入 2 μ l 0.5mol/L EDTA 和 1 μ l SDS ，在 68 ℃加熱 10min 。
7． 用離心柱凝膠過濾法從標記的探針中分離出未摻入的核苷酸：
a. 用 1ml 注射器裝入硅膠玻璃棉至 0.2ml 刻度處，加經緩沖液平衡的 Sephadex G50 至 1ml 刻度處，將此柱置 15ml 的離心管內，室溫下， 3000r/min 離心 6min 。
b. 去除過柱后的液體，加入緩沖液重復離心直至柱內容物緊密充填至 1ml 刻度處，加 100 μ l 柱緩沖液， 3000r/min 離心 6min ，重復洗滌步驟 3 次。在zui后一步洗滌后，確保流量與上樣緩沖液量相等，即 100 μ l 。
c. 探針溶液離心之前，放 1.5ml 的反應管在注射器下方的 15ml 管內，與前面步驟相同，加探針液到柱內并離心，過柱后的液體收集在反應管中，這時已含有 20ng/ μ l 的標記探針。該探針已可用于原位雜交或貯存于－ 20 ℃。
用缺口平移法進行標記
與缺口平移地化法幾乎相同，僅 10 ×寡核苷酸母液成分不同：
0.5mmol/L dATP, 0.5mmol/L dCTP, 0.5 mmol/L dGTP, 0.125 mmol/L -11-dUTP ， 0.375mmol/L dTTP 。
（三）斑點印跡分析法檢測標記物
1． 將分裝的 1 μ l 標準 DNA 稀釋液和同法配制的 1 μ l 待測 DNA 稀釋液點于硝酸纖維素膜上。
2． 硝酸纖維素膜置 80 ℃真空烤箱內 1h 。
3． 室溫下，用 AP7.5 緩沖液漂洗硝酸纖維素膜 1min 。
4． 將硝酸纖維素膜密封于含 10ml 封閉液的塑料袋中，置 37 ℃溫育 30min 。
5． 打開塑料袋的一端，棄去封閉液，加入新鮮配制的鏈親和素 - 堿性磷酸酶交 聯物溶液，重封塑料袋口，置 37 ℃溫育 30min 。6． 從塑料袋中取出硝酸纖維膜，用 AP7.5 緩沖液漂洗（室溫下兩次各 5min ），再用 AP9.5 緩沖液漂洗（室溫下 10min ）。
7． 將硝酸纖維素膜重封于含顯影液的塑料袋中（ 33 μ l NBT 溶于 10ml AP9.5 緩沖液中）。小心混勻后（不可漩渦混勻！）加入 25 μ l BCIP ，再次輕輕混勻反應液，在 37 ℃溫育直至顯影達滿意程度，一般 15 ～ 60min 。
8． 從塑料袋中移去硝酸纖維膜，用 TE 緩沖液終止顯色反應。
9． 空氣干燥后，評估分析結果：測試組和對照組 DNA 的顏色密度應進行比較。在理想的雜交結果，zui低稀釋度信號應當是可見的。
（四）熒光標記原位雜交探針的混合與變性
1． 混合 20 ～ 60ng 單拷貝 DNA 和 3 ～ 5 μ g 經剪切的鮭精 DNA （作為載體）。如果反應后體積少于 10 μ l ，可凍干；若體積較大，可加入 1/20 體積的 3mol/L 乙酸鈉和 2 倍體積 100% 乙醇使 DNA 沉淀。混勻并置－ 70 ℃ 30min 。在 4 ℃用 Eppendorf 離心機以 12 000r/min 離心 10min ，棄上清，沉淀物以 500 μ l 70 ％乙醇漂洗后再離心（ 4 ℃， 12 000r/min, 10min ），棄上清并凍干。
2． 重懸于 5 μ l 去離子的甲酰胺中，于室溫漩渦混勻數分鐘。
3． 加 5 μ l 雜交緩沖液，漩渦混勻 5 ～ 10min 。
4． 在 75 ℃使 DNA 探針變性 5min ，接著冰浴 5min ，這時探針已可用于雜交。
（五）載玻片上 DNA 變性
變性
1． 在載玻片上選擇合適的雜交區，用鉛石筆在載玻片的另一面作記號。ELISA試劑盒
2． 變性前將載玻片置 60 ℃烤箱孵育以防止變性液加至載玻片時溫度的降低。
3． 加變性液至 Coplin 廣口瓶內，在水浴箱中加熱至 70 ℃，用置于瓶內的溫度計檢測變性液的溫度（這是關鍵步驟！）為得到好的結果，溫度應達 70 ℃。
4． 將預熱的載玻片（一次不多于 3 片）移至含變性液的 Coplin 廣口瓶內準 2min 。
5． 立即將載玻片依次移入含 70 ％、 90 ％和 100 ％乙醇（冰冷）的 Coplin 廣口瓶內，各 5min 。
6． 空氣干燥后，載玻片已可用于雜交。
雜交
1． 將 10 μ l 含變性探針的雜交混合物加至載玻片的變性靶 DNA 上。
2． 在雜交的液滴上小心地蓋上 18 × 18cm 的蓋玻片，不要滯留氣泡。
3． 用橡皮泥將蓋玻片四周封好，置載玻片于濕盒內， 37 ℃溫育過夜。
（六）檢測
1． 分別在 42 ℃和 60 ℃的水浴箱內預熱漂洗液 A （ 50 ％甲酰胺， 2 × SSC pH7.0 ）和 B （ 1 × SSC ～ 0.1 × SSC pH7.0 ）。
2． 從濕盒內取出載玻片，用鑷子小心除去橡皮泥。
3． 置載玻片于含預熱至 42 ℃漂洗液 A 的 Coplin 廣口瓶中，在水浴箱中振蕩 10min 直至蓋玻片脫落，將載玻片移至另一含漂洗液 A 的廣口瓶中，振蕩 5min ，更換漂洗液 A 兩次，每次振蕩 5min 。
4． 將載玻片移入含預熱（ 60 ℃）漂洗液 B 的 Coplin 廣口瓶中，漂洗 5min ，更換漂洗液兩次，每次漂洗 5min 。
5． 將載玻片從 Coplin 廣口瓶中取出，棄盡液體，加 200 μ l 封閉液，蓋以 22 × 40mm 的蓋玻片，置濕盒內， 37 ℃溫育至少 30min 。
6． 從每張載玻片上移去蓋玻片，去除過的的液體，加 200 μ l 帶熒光的報道分子檢測液（如 5 μ g/ml 與熒光素偶聯的親和素或 6 μ g/ml 與羅丹明偶聯的抗抗體），在 37 ℃濕盒內溫育 30min 。所有的后序步驟均應在避光的 Coplin 廣口瓶中進行（如外裹錫箔紙）。
7． 移去蓋玻片，將載玻片移至漂洗液 C （ 4 × SSC ， 0.1 ％ Tween20 pH7.0 ）中，在 42 ℃（振蕩水浴箱）漂洗三次各 5min 。
8． 將載玻片置入含復染劑（如 2 × SSC ， 200ng/ml DAPI ）的 Coplin 廣口瓶中，室溫振蕩 20min 。
9． 將載玻片移至漂洗液 D （ 2 × SSC ， 0.05 ％ Tween 20 ）的 Coplin 廣口瓶中，室溫中溫育 1 ～ 2min 。
10． 從 Coplin 廣口瓶中取出載玻片，加 20 ～ 30 μ l 防退色液并蓋以 22 × 40mm 的蓋玻片，置載玻片于合適的盒內，以便 4 ℃保存。
（七）染色體原位抑制（ CISS ）雜交
1． 結合適量標記的探針 DNA ，人競爭 DNA （ Cot1 片段） 2 ～ 4 μ g ，加鮭精 DNA 至總量為 10 μ g DNA 。
2． 加 1/20 體積乙酸鈉（ pH5.2 ）和 2 倍體積的乙醇使 DNA 沉淀，置－ 70 ℃ 30min 。 12 000r/min 離心 10 分鐘后，大多數可見沉淀。棄上清并用 70 ％乙醇漂洗，再離心棄上清。
3． 凍干樣本，重溶于 5 μ l 去離子甲酰胺中。
4． 加 5 μ l 變性緩沖液。
5． 在 75 ℃溫育 5min 使 DNA 變性。
6． 迅速將含探針溶液的微量離心管移至 37 ℃，溫育 5 ～ 20min （甚至更長）使部分 DNA 再退火。
7． 預退火的探針與變性 DNA 在載玻片上混勻。
8． 繼續進行（四，五，六）所述的步驟。
（八）信號放大
1． 小心地從載玻片上移去蓋玻片。
2． 將載玻片移至漂洗液 C （ 4 × SSC ， 0.1 ％ Tween20 pH7.0 ）中，在 42 ℃漂洗三次共 10min 。
3． 從 Coplin 廣口瓶中取出載玻片，吸去載玻片上的殘液，加 200 μ l 含 1 ～ 5 μ g/ml 化的抗親和素抗體的檢測緩沖液，覆以 22 × 40mm 的蓋玻片，置濕盒內在 37 ℃溫育 30min 。
4． 在 42 ℃含漂洗液 C 的 Coplin 廣口瓶中漂洗載玻片三次各 5min 。
5． 從 Coplin 廣口瓶中取出載玻片，吸去載玻片上的殘液，加 200 μ l 含 5 μ g/ml 偶聯熒光染料的親和素檢測緩沖液。
6． 漂洗和染色體步驟見（六）。
（九）多色熒光標記原位雜交
1． 在 DNA 沉淀之前，采用幾種與不同報道分子結合的探針，而不是僅用一種探針。
2． 合適的報道分子結合物必須加到檢測緩沖液中（六）。每種報道分子結合物應與一種熒光染料結合，該染料在光譜上能與同一實驗所用的其它熒光染料相區別。ELISA試劑盒
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